MP4播放器所支持的編碼格式可以說是“亂中之亂”，除了PMC，由于硬件平臺的沒有統一的標準，軟件系統也是由廠商自行設計，這是造成MP4播放器的解碼兼容性和解碼穩定性參差不齊的根本原因；另外，由MPEG-4編碼體系洐生出來的格式很多，除PMC之外的MP4，解碼兼容性和硬件有關，這就大大增加了解碼的難度，視頻格式本來就多例如AVI，ASF，MPG，WMV，再加上編碼算法也多：MPEG-1，MPEG-2，MPEG-4，而大多MP4播放器所支持的MPEG-4編碼，又有多種衍生的編碼算法：DivX、XviD、H.263、 MS MPEG-4 3688 、 Microsoft Video1 、Microsoft RLE......

　　流媒體格式當中，微軟所開發的ASF和WMV都是采用MPEG-4編碼的，部分MP4支持ASF或WMV這兩種流媒體格式，而RM和RMVB，這兩種網絡上流傳極為廣泛的流媒體格式，居然沒有一款MP4能夠支持。而mpg格式既可以是MPEG-1和MPEG-2編碼又可以是MPEG-4編碼。

　　另外需要注意的就是，MPEG-4并沒有確定必須用什么擴展名，它只是一種編碼方法而已，使用avi作為擴展名，是一種習慣性的沿用，這和標準的AVI是有所區別的。現在主流的MP4一般都支持DivX或Xvid編碼的avi格式，但是其它很多編碼的avi就不一定支持了。最后一提，格式兼容性還跟視頻格式的分辨率，zhen率和比特率有關，一個支持DivX的MP4播放器，卻播放不了DivX的avi，很可能跟前面的三個因素有關。

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